La Grotta del Trullo si trova nel comune di Putignano a 500 mt. dal centro del paese, sulla S.S.172 per Turi. Putignano si può raggiungere anche in treno con le Ferrovie del Sud-Est, dalla stazione ferroviaria parte regolarmente un collegamento di autobus di linea che porta fino alla grotta. Putignano gode di una splendida posizione, dista infatti solo Km.25 dalla costa adriatica e numerosi sono i paesi limitrofi di notevole interesse storico-culturale, come Alberobello, Conversano, Martina Franca, Polignano, Castellana, solo per citarne alcuni.

Putignano, caratteristica e ridente cittadina della Murgia Barese sorta in una posizione che le conferisce una visione panoramica notevolissima, è localizzata in un evidente paesaggio carsico: assenza totale di corsi idrografici superficiali, doline, ampie depressioni generalmente allungate riferibili ai polya carsici, al fondo dei quali si raccoglie la terra rossa, residuo insolubile dell'azione solvente delle acque sulla roccia calcarea. A queste componenti superficiali si aggiungono quelle sotterranee, rappresentate da cavità a sviluppo verticale ed orizzontale che, nella loro maestosità, costituiscono uno degli spettacoli più superbi e misteriosi della natura.